Карельский тип айрширской породы крупного рогатого скота выведен в результате более чем 30-летней селекционной работы методом чистопородного разведения с использованием быков финской и отечественной селекции. Главными селекционными признаками при отборе маточного поголовья приняты величина удоя, содержание белка и жира. Дальнейшее совершенствование внутрипородного типа определяет необходимость поиска генетических факторов естественной резистентности для использования их в качестве селекционного признака. Удобную генетическую модель для изучения ассоциации с заболеваемостью представляет кодоминантная форма наследования групп крови. На примере одного из племенных хозяйств Республики Карелия выполнен ретроспективный анализ причин выбытия молочных коров для установления генетической детерминированности заболеваний. Проработку экспериментального материала проводили с привлечением отдельных методов кластерного, факторного и дискриминантного анализов, которые позволили не только сгруппировать многочисленные зоотехнические показатели по однородности их проявления, но и установить структуру связей между изученными переменными (продолжительность жизни, продуктивность молока, содержание жира, живой массы и возраста первого отела, аллели, причина выбытия). Пошаговый дискриминантный анализ на 97,73 % подтвердил достоверность разделения животных на три группы (кластера). В качестве основных дискриминаторов, достоверно разделивших поголовье коров, выделены показатели продолжительности жизни, продуктивности, живой массы и возраста первого отела. С привлечением факторного анализа установлено наличие прямой достоверной связи между аллелем EAB-системы и причиной выбытия животного. Определены наиболее часто встречающиеся аллели EAB-системы у животных, выбывших вследствие наиболее часто встречающихся заболеваний (заболевания конечностей, вымени, обмена веществ). По частоте встречаемости аллелей сделали предположение, что у животных-носителей аллеля В1I1P1A’1G’’ вышеуказанные заболевания развиваются на более позднем этапе жизни. Напротив, коровы-носители аллеля B1Q’I’’ подвержены им в более ранние периоды жизни. Гипотетически животные-носители аллелей QAֹ’1E’3F’2 и  I’ резистентны к заболеваниям конечностей, O2P1P2I’1,  PI’,  P2I’, Q, A’1I’’, I’ – обмену веществ, носители аллелей O2P1P2I’1, A’1I’’– к заболеваниям вымени. Предложен селекционный путь совершенствования внутрипородного типа айрширского скота ‒ формирование относительно однородного стада по продолжительности использования высокопродуктивных животных, устойчивых к заболеваниям на основе оптимизации подбора родительских пар с учетом маркерных генов.