Региональные агропродовольственные системы являются важными составляющими национального хозяйственного комплекса, обеспечивая продовольственную безопасность страны, развитие сельских территорий, повышение уровня и качества жизни населения. В современных условиях основным инструментом стратегического планирования отраслей, регионов и в целом национальной экономической системы становятся государственные программы. Новая система управления государственными программами, утвержденная в 2021 году, направлена на устранение многих проблем реализации программно-целевого метода, в частности, на устранение неэффективного использования бюджетных ресурсов и укрепление межведомственных взаимодействий. Новый подход к разработке, мониторингу и реализации государственных программ в агропродовольственной сфере предполагает дополнение госпрограмм рядом параметров, направленного на наиболее полное выполнение национальных целей развития России. Обоснованы предложения по совершенствованию государственных программ Саратовской области «Развитие сельского хозяйства и регулирование рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия в Саратовской области» и «Комплексное развитие сельских территорий». Подчеркнута важность трансформации перераспределительной модели финансирования региональной экономики, создающей определенные проблемы для регионов при софинансировании госпрограмм.